CGB Spender y William Mulder trabajaban en el Departamento del Estado ya desde finales de los años 1940 – principios de los años 1950; al comienzo de sus carreras fueron involucrados en el grupo encargado de la investigación sobre la futura amenaza alienígena, lo cual les permitió crecer en los círculos de Inteligencia y proyectos ultra secretos. CGB se casó con Cassandra y William con Tena. CGB y Tena tuvieron un corto pero apasionado romance, que dejó a Tena embarazada. La identidad del padre verdadero le fue ocultada a William cuando el niño, Fox, nació y se crió en la familia Mulder. CGB y Cassandra más tarde se convirtieron en los padres de Jeffrey; William y Tena se convirtieron en los padres de Samantha.

CGB quizás fue el instigador de la propuesta de colaboración que llevó a la creación del Sindicato en 1973. Para cerrar el acuerdo con los alienígenas en 1973, CGB entregó a su esposa Cassandra. Bill hubiera entregado a Fox, pero CGB lo convenció de lo contrario, probablemente revelando quién era el verdadero padre; Bill entregó a Samantha. Los remordimientos de Bill durante décadas de experimentos sobre humanos y el malestar moral de la colaboración con los alienígenas lo llevó a salir del Sindicato, no antes de lanzar un último proyecto para la resistencia: la investigación de una vacuna contra el Aceite Negro. Desde entonces, Bill tuvo grandes esperanzas para sus hijos (biológicos o ‘adoptivos’): para Samantha, esperaba que sobreviviera a la colonización en la forma de un híbrido extraterrestre/humano (como ella misma o como un clon); para Fox, esperaba que creciera hasta exponer y frustrar los planes de CGB, del Sindicato y de los alienígenas. En consecuencia, su actitud posterior hacia su hijo fue rígida, con el fin de endurecerlo para combatir al futuro. La abducción de Samantha llevó al divorcio de Tena y Bill.

Samantha fue arrebatada de los Mulder para vivir con los Spender; Cassandra y Samantha continuaron siendo abducidas y fueron víctimas de experimentos. Finalmente, en 1979, Samantha fue ‘llevada’ por los Walk-ins y así partió del plano físico, esencialmente muriendo; esta desaparición fue misteriosa incluso para CGB, que llegó a creer que estaba muerta.

Fox Mulder nació el 13 de Octubre de 1961. El evento que marcó su vida fue ser el único testigo de la abducción de su hermana Samantha por extraterrestres cuando tenía 12 años. Mulder pasó a estudiar psicología e ingresó en el FBI en 1986; fue asignado a la Unidad de Crímenes Violentos y era considerado brillante por sus colegas. Sólo en 1989 se tropezó sobre un caso relacionado con conspiraciones gubernamentales y control de la mente, un caso en el que también encontró a los futuros Pistoleros Solitarios, un trio de ‘frikis’ de conspiraciones que llegarían a ser aliados cercanos a Mulder. Después de esto, Mulder contó con la ayuda del doctor Heitz Werber para recolectar las memorias de la abducción de su hermana, a través de la hipnosis de regresión. Rápidamente, Mulder se obsesionó con cualquier cosa paranormal, conspiradora y extraterrestre, lo cual le valió el apodo de “Spooky” (Siniestro/Tenebroso) en el FBI. Un “creyente”, aunque no inclinado hacia la religión.

Sólo el agente del FBI Diana Fowley estuvo a su lado; juntos desarrollaron un fuerte vínculo, que evolucionó en una relación romántica. En 1990 descubrieron los Expedientes X, casos que el FBI había considerado como no resueltos y que involucraban fenómenos inexplicables o sobrenaturales, casos sobre cuales trabajó el agente del FBI Arthur Dales desde los años 1950. Es entonces que CGB Spender se interesó en el caso de Mulder. Vio a los Expedientes X tanto como un medio a través del cual los creyentes podrían ser desacreditados para el mejor beneficio del Sindicato y acciones gubernamentales ilegales, pero también como un medio para preparar a Mulder como un posible heredero de CGB. En esta especie de rito de pasaje, Spender se acercó a Fowley y la tomó bajo su influencia. Spender, como un ejecutivo del Departamento del Tesoro poderoso en el FBI, permitió a que se abrieron los Expedientes X en 1991; Mulder y Fowley fueron asignados en ellos mientras que Fowley estaba respondiendo a Spender. En 1992, el Sindicato asignó a Fowley a otras tareas en Europa y Mulder se quedó, un elemento solitario embarazoso, en una oficina del sótano del FBI. Durante ese tiempo, el senador Richard Matheson fue su único partidario.

Dana Scully nació el 23 de Febrero de 1964, hija de William y Margaret. Su padre era un capitán de la Marina y su crianza fue Católica Romana; tuvo dos hermanos, William Junior y Charles, y una hermana, Melissa. Hizo su licenciatura en física y continuó estudiando medicina forense. Contra los deseos de su padre y no totalmente segura de sus elecciones de carrera, entró en el FBI en 1990. Scully desarrolló un alto sentido de independencia y fuerza, como una mujer evolucionando en un ámbito mayoritariamente masculino. Creía firmemente en la ciencia y sus procedimientos rigurosos para deducir conclusiones. Con la ciencia como el único prisma a través del cual el mundo podría ser explicado, ella era una “escéptica” y desconfiada de todo lo paranormal. Esto chocaría con su fe subyacente en Dios y a veces la llenaría de dudas a lo largo de su vida.

En 1992, bajo las órdenes de CGB Spender, fue asignada para trabajar con Mulder en los Expedientes X por el jefe de sección Scott Blevins. Su experiencia científica y médica era necesaria para asistir (y quizás desacreditar) al enfoque no-científico de Mulder.

A pesar de sus visiones del mundo en conflicto, la asociación Mulder-Scully se construyó sobre respecto mutuo y las competencias de cada uno. Aunque los casos no siempre eran resueltos de forma clara y quedaban cosas pendientes, la tasa de éxito era suficientemente alta. Mulder fue abordado por un hombre sólo conocido como “Garganta Profunda”, que una vez trabajó por el Sindicato, un ejecutivo del gobierno intentando proporcionar información a Mulder para que la verdad fuese expuesta de alguna manera. El padre de Scully murió ese año. Las preguntas inquietantes que plantearon los Expedientes X acerca de encubrimientos del gobierno y del ejército sobre la presencia de extraterrestres en la Tierra eventualmente resultaron en el cierre de los Expedientes X en 1994; en el mismo caso, Garganta Profunda fue asesinado a tiros por su papel como informante.

Mulder y Scully fueron asignados a otras tareas del FBI, pero continuaron la comunicación e investigación de casos paranormales. El Sindicato decidió que deberían ser tomadas medidas más extremas para silenciarlos. Mulder fue asociado con Alex Krycek, quien estaba trabajando de incógnito para el Sindicato. En un caso que involucraba a Duane Barry, un supuestamente abducido extraterrestre, Scully fue abducida. Fue sometida a muchas pruebas y experimentos; su genoma fue manchado por ADN alienígena en experimentos de hibridación; sus óvulos fueron tomados, dejándola estéril; fue implantada con chips hechos por el hombre y por alienígenas. Fue devuelta cuatro meses después. El director adjunto del FBI Walter Skinner, en una posición incómoda equilibrando entre su sentido del deber y sus órdenes desde CGB Spender, reabrió los Expedientes X. Skinner se convertiría en un aliado incómodo, dividido entre el chantaje y lo que sentía moralmente correcto.

La confianza mutua de Mulder y Scully creció a medida que descubrieron una conspiración gubernamental involucrada con seres extraterrestres, extendiéndose en direcciones cada vez más imprevistas. La incredulidad de Scully en todo lo relacionado con extraterrestres no le impidió tener su fe inicial en el gobierno sacudido. La búsqueda de la verdad de los dos agentes se hizo profundamente personal cuando Bill Mulder fue asesinado por Krycek, justo cuando iba a revelar la verdad de su participación en la conspiración a su hijo, y la hermana de Scully, Melissa, fue asesinada en su lugar; Mulder estuvo a punto de morir, pero fue curado con la ayuda del Navajo Albert Hosteen. La existencia del Sindicato se hizo evidente, aunque sus objetivos todavía eran desconocidos o mal definidos. CGB Spender, apodado “El Fumador”, se convirtió en la némesis de los agentes. A menudo se cruzaban en el camino con Krycek, en quien tanto ellos como Skinner tenían razones para vengarse. El sensato esbirro del Sindicato apodado “X” sustituyó a Garganta Profunda y, después de su muerte, la ejecutiva de la ONU Marita Covarrubias se convirtió en la informante ocasional de Mulder.

Mulder se topó con varios clones de su hermana con la constante esperanza de que encontraría a la original; estas esperanzas a menudo estaban alimentadas por otros en un intento de manipular sus propios objetivos. Mulder fue víctima de las pruebas involucrando el Aceite Negro en Rusia. Scully aprendió progresivamente la verdad detrás su experiencia de abducción y después de haberse quitado su implante desarrolló un cáncer terminal. El Fumador permitió que Mulder consiguiera la cura para Scully, en un intento de atraerlo para su lado en el Sindicato, su plan para los últimos 6 años. Mulder lo rechazó y el Fumador fue baleado por no cumplir con la agenda mayoritaria del Sindicato.

Las creencias de Scully y Mulder fueron profundamente sacudidos y muchas veces estuvieron como perdidos. El caso de un fraude con un cuerpo extraterrestre involucrando la manipulación de los Expedientes X, según lo revelado por el empleado del Departamento de Defensa Michael Kritschgau, condujo a Mulder a perder todas sus creencias sobre la presencia de alienígenas durante un tiempo.

Scully descubrió que sus óvulos fueron utilizados para crear niños en un experimento de hibridación; intentó adoptar uno de esos niños, Emily, pero la niña murió como resultado de las alteraciones de Scully. Elementos nuevos que iban a desestabilizar el Sindicato aparecieron en 1998, con los Rebeldes sin rostro quemando abducidos. Los agentes conocieron a Jeffrey Spender, quién también se había convertido en un agente del FBI. En un caso que hubiera podido resultar en pruebas concluyentes sobre la existencia de extraterrestres, el niño lector de mentes Gibson Praise, Mulder y Scully atrajeron la atención del Departamento de Justicia; el caso se volvió grave, los Expedientes X fueron cerrados y la oficina de los Expedientes X fue quemada y reducida a cenizas por el Fumador, recién regresado del exilio.

La implicación coincidente de Mulder y Scully en un encubrimiento del Sindicato en Texas los llevó a la plena realización de los planes del Sindicato para la colonización. Mulder salvó a Scully de una infección del Aceite Negro, lo que costó la vida al miembro del Sindicato “Hombre Bien Manicurado”. Estas circunstancias llevaron a la reapertura de los Expedientes X. Sin embargo, el Fumador esta vez dirigió su atención a Jeffrey, usando el mismo procedimiento que con Mulder: maquinando para ponerlo en los Expedientes X y trayendo de Europa a Fowley, para asignarla con él y entrenarlo para aprender la verdad y unirse al lado del Fumador. Jeffrey no resultó tan ‘digno’ como creyente y buscador de la verdad como Mulder ante los ojos del Fumador. Cuando los Ancianos del Sindicato fueron quemados por los Rebeldes en 1999, el trabajo de una vida del Fumador fue destruido; como consecuencia le disparó a su propio hijo Jeffrey.

Mulder y Scully fueron reasignados a los Expedientes X. Después de todos esos años de apreciación profunda y de comprensión mutua, los dos agentes fueron cada vez más cercanos. El Aceite Negro remanente en Mulder le convirtió en un híbrido extraterrestre/humano cuando un Nave alienígena surgió en África; el Fumador usó eso como una oportunidad para transferir estas propiedades de híbrido de Mulder a él; Diana Fowley fue asesinada, Mulder se recuperó pero el Fumador se convirtió en un enfermo terminal. Todos esos años en los Expedientes X y su exploración de la Nave lograron que Scully pusiera en tela de juicio su postura de no-creyente. Mientras ella estaba siendo gradualmente más abierta, la búsqueda de Mulder por su hermana llegó a un cierre con el descubrimiento de su verdadero destino con los Walk-ins y con la muerte de su madre se convirtió en huérfano. Mulder y Scully terminaron resolviendo la tensión subyacente entre ellos y consumaron su relación. Un último intento del Fumador para resucitar el Sindicato en 2000 llegó a su asesinato por Krycek y a la abducción de Mulder por los Colonizadores, quienes todavía estaban trabajando activamente para preparar la colonización. Scully se quedó sola y embarazada.

El Agente John Jay Doggett fue asignado a los Expedientes X con el objetivo manifiesto de encontrar al desaparecido Mulder. Su respeto y su protección caballeresca hacia Scully le ganó eventualmente su confianza. Mulder, junto con una serie de abducidos que fueron sometidos a la conversión en Super-soldados, fue devuelto meses después y, considerado muerto, fue enterrado. Tres meses después fue descubierto vivo; una serie de coincidencias terminó salvando a Mulder de una replicación alienígena. Mientras tanto, Scully había desarrollado dudas reales sobre la posible naturaleza alienígena de su bebé. El parto, asistido por Monica Reyes, agente del FBI y amiga de Doggett, fue muy estresante y presenciado por muchos Super-soldados. Skinner finalmente tomó su venganza sobre Krycek, matándolo.

A Mulder y Scully se les permitió una reunión breve con William, su hijo recién nacido, antes que Mulder fuera obligado a esconderse por la conspiración de Super-soldados que buscaban a matarlo. Scully se convirtió en una practicante y sólo hizo consultoría para los Expedientes X, que ahora estaban a cargo de Doggett y Reyes.

Scully descubrió que las habilidades sobrenaturales emergentes de William eran debido a un proyecto de convertir progresivamente bebés humanos en Super-soldados. También supo que su capacidad de procrear le había sido devuelta por la Nave alienígena en África, y que su hijo era un profeta líder para los Colonizadores alienígenas – a menos que Mulder sobreviviera y lo guiara para ser un líder de la resistencia. Jeffrey Spender, que había sobrevivido todo este tiempo, dio a William una inyección que le impidió convertirse en un Super-soldado; esto, sin embargo, no revocó la profecía y Scully resolvió dar a William en adopción, con el fin de proteger su identidad y ubicación.

Mulder resurgió cuando estaba siendo juzgado por un presunto asesinato; fue condenado a muerte por un jurado militar montado y sus amigos lo ayudaron a escapar. Mulder y Scully tuvieron un último encuentro con el Fumador, que había sobrevivido en la clandestinidad; la conspiración de los Super-soldados, plenamente en el poder en lugar del Sindicato, finalmente mató al Fumador y continuó persiguiendo a Mulder y Scully. Doggett y Reyes se enfrentaron con el cierre de los Expedientes X; Skinner y el subdirector del FBI, Alvin Kersh, fueron reprendidos por su apoyo a Mulder. Mulder y Scully se convirtieron en fugitivos.

Scully, ahora médica en un hospital católico, y Mulder, todavía a la búsqueda de algo paranormal, son una pareja muy enamorada no obstante torturada por demonios interiores y exteriores, y se han asentado en una casa en zona rural de Virginia.