Después de que el Sindicato fue más o menos neutralizado, los alienígenas tuvieron que tomar el asunto en sus propias manos para prepararse para la colonización. El acuerdo forzado sobre ellos en el año 1973 ya no estaba disponible, podían volver a su plan original: los Super-soldados.

Los Super-soldados son creaciones de los Colonizadores alienígenas; son seres humanos cuyo ADN ha estado profundamente modificado por una versión del virus del Aceite Negro y además compuesto con hierro, son virtualmente indestructibles, tienen una vértebra de hierro (la cual es la causa de pequeñas protuberancias en la base de su cuello) a partir de la cual pueden reconstruirse y tienen una conciencia alienígena que prevalece sobre su voluntad humana. El humano que va a ser replicado en un Super-soldado debe someterse a procedimientos dolorosos y muy largos; parece que sólo personas con un cierto perfil genético son adecuadas para ser replicadas. La investigación para crear una manera más rápida para replicar – y una manera para replicar a cualquiera persona – parece estar en curso.

Su objetivo es preparar la colonización. Después de la replicación, los Super-soldados infiltran la sociedad humana e intentan alcanzar altas posiciones de poder. Los primeros Super-soldados quizás aparecieron ya en 1947; la infiltración nunca se detuvo a pesar del acuerdo con el Sindicato. Una segunda ola de Super-soldados fue creada a finales de los años 1980-1990. La destrucción de los Ancianos del Sindicato en 1999 activó efectivamente a esos agentes durmientes, con Super-soldados llenando el vacío de poder dejado por los Ancianos en sus posiciones oficiales. En 2000-2001 una tercera ola fue creada a partir de la replicación de los que antes solían ser abducidos. Para 2002, eran un grupo muy poderoso e influyente en todas las agencias gubernamentales: el Departamento del Tesoro y el FBI (“Hombre Mondadientes”), la NSA (“Hombre de la Sombra”), la comunidad de inteligencia y el Complejo de Mount Weather (Knowle Rohrer) o el Departamento de Justicia (Shannon McMahon) – pero también eran simples civiles en posiciones menos prominentes, cumpliendo operaciones de trabajo preparatorio (Billy Miles). Después de la colonización son destinados a convertirse en una raza de esclavos de sus dueños, los Colonizadores.

Zeus Genetics era una clínica de fertilidad, empleando a los doctores Lev y Parenti, los cuales usaban su línea oficial de trabajo para cubrir el trabajo que hacían para la cuenta del Sindicato. Usando material genético extraterrestre, creaban bebés esencialmente alienígenas que estaban implantados, gestados y nacidos de úteros humanes. Ex-abducidas dejadas estériles fueron utilizadas como madres sustitutas; el ex-Marine Duffy Haskel infiltró grupos de MUFON por parte del Sindicato y las llevó a Zeus Genetics. Los bebés, nacidos muertos, fueron utilizados para proporcionar tejido y material genético alienígena para más bebés y experimentos de hibridación, con otras sucursales bajo el Sindicato.

Después de la caída del Sindicato, los Super-soldados reemplazaron los superiores de Zeus Genetics; sin saberlo, Zeus Genetics cayó bajo la influencia de los Super-soldados. El objetivo se convirtió en crear un bebé Super-soldado con manipulación genética, sin el complejo procedimiento y el necesario tiempo consumido para la replicación de un adulto. Esta investigación fue presentada por los Super-soldados como pasos hacia la creación de un ser humano sin debilidades, pero realmente era una investigación para crear una versión ‘orgánica’ del Super-soldado, tan alienígena como ellos mismos. Los Super-soldados pusieron fin a Zeus Genetics cuando otro proyecto concurrente, el Valor Victor, fue exitoso ante ellos.

De manera similar a Zeus Genetics, el barco de investigación de alto secreto de la Marina, Valor Victor, fue utilizado por los Super-soldados para investigar una forma de crear Super-soldados ‘orgánicos’. El Valor Victor tuvo éxito en la creación de tal técnica mediante el uso una versión modificada del aditivo químico y desinfectante del suministro público de agua, la cloramina. La cloramina llevaría a una versión del virus del Aceite Negro que daría lugar una gestación dentro de una mujer. Con ingestión continua de agua durante la vida del feto y del bebé, el virus modificaría progresivamente el genoma del bebé y lo convertiría en un Super-soldado. La mujeres ex-abducidas (y no estériles), identificadas por los implantes en su cuello, fueron los objetivos de estas gestaciones, aparentemente milagrosas. Esta técnica dio lugar a la creación de una generación entera de bebés futuros Super-soldados, nacidos en 2001. Estos bebés exhibieron poderes telequinéticos en el comienzo de su desarrollo. En el momento de la colonización probablemente serán utilizados para erradicar cualquier tipo de resistencia humana, gracias a su posición privilegiada dentro de las sociedades humanas y su aspecto aparentemente inocente.

Una forma específica de la magnetita de óxido de hierro puede afectar a la tecnología alienígena, desde las naves hasta a los Super-soldados. Se cree que la magnetita interactúa electromagnéticamente con el hierro, del cual está compuesto toda la tecnología alienígena. La magnetita es la única manera conocida para destruir a un Super-soldado. La fuente de esta forma de magnetita sobre la Tierra proviene en mayor parte de meteoritos estrellados, lo cual hace que sea muy poco frecuente. La magnetita puede haber sido la razón por la cual fuese debilitado el Aceite Negro en la caída de meteoro en Tunguska. La magnetita también puede ser efectiva en una forma de solución en suspensión que es adecuada para una inyección. La caída en Roswell reveló esta debilidad al gobierno estadounidense, aunque su rareza hizo que sea una herramienta inadecuada para la resistencia.

Varios acontecimientos cósmicos, como la caída de meteoritos conteniendo Aceite Negro y magnetita, han llegado a influir la biología de los humanos a través de mutaciones de choque o exposición prolongada. Un grupo de humanos en Asia llegó a ser inmune al Aceite Negro: una vez que iba a entrar en su cuerpo sería muerto y expulsado. Gracias a una pequeña cantidad de mestizaje, los descendientes de este grupo se mantuvieron genéticamente puros y todavía exhibían rasgos similares. Sus descendientes en la región de Tunguska fueron utilizados en los experimentos de la conspiración rusa con el Aceite Negro y pueden haber sido la causa para la creación de una vacuna contra él. Sus descendientes en las Filipinas podían exhibir facultades de origen alienígena, como leer la mente (Gibson Praise). La migración a través del Estrecho de Bering hace miles de años trajo descendientes a América. Es posible que los Anasazi fueran inmunes al virus alienígena; su supervivencia en proximidad con los alienígenas, les permitió la transmisión de ciertos elementos culturales alienígenas (como la escritura y creencias). Debido a su inmunidad, muchos de ellos fueron abducidos y ejecutados; el resto descubrió que los alienígenas temían a la misma forma de magnetita que estaba presente en Nuevo México y se retiraron a esa área, sólo para terminar muriendo de hambre. Un grupo de indígenas Mexicanos, los Huichol, todavía son naturalmente inmunes al Aceite Negro.

Los extraterrestres tienen planes específicos para el futuro. A través de sus Naves, han llevado a cabo el plan de la creación de la humanidad a través de millones de años y han preparado la colonización. Los planes que tienen para el futuro inmediato son tan sólidos como lo que ha llegado a pasar. Sus poderes “divinos” sólo pueden ser interpretados por mentes humanas inferiores de maneras que sólo acercan a la verdad; además, la información que los alienígenas y las Naves les transmite a los humanos es sólo la que los alienígenas eligen. Así, lo que sabemos de sus planes debería ser tratado con precaución. Sus planes han llegado a ser conocidos a los seres humanos como profecías. A través de varios contactos en la historia humana, partes de la sabiduría alienígena han sobrevivido en culturas humanas, sobre todo en América del Norte. La tribu nativo-americana de los Anasazi, y de los Navajo después de ellos, utiliza una escritura que es parecida a la de los alienígenas. Una de las profecías es la fecha fijada para la colonización, que marca la fecha final del calendario Maya.

Otra profecía es que un ser elegido se convertirá en el líder de la colonización. Sin embargo, podría estar influenciado por su padre y seguir un camino diferente que finalmente arruinaría los planes de colonización. Los Colonizadores, y los Super-soldados bajo ellos, trabajan y luchan para que este líder esté de su lado. Los Anasazi sólo mantuvieron el lado humano de la profecía en su sabiduría, esperando que este líder se convertirá en un salvador de la humanidad.

Esta persona importante resultó ser William, el hijo de los agentes del FBI Fox Mulder y Dana Scully. A Scully, dejada estéril por experimentos anteriores, le devolvieron su fertilidad a través del contacto con una Nave alienígena, la cual le otorgó al niño el status especial de ser traído a la existencia a través de los actos ‘divinos’ de la Nave alienígena. Su concepción posterior fue natural. Después de su concepción, William fue añadido al programa de la cloramina; la cloramina trabajó lentamente su conversión progresiva en un Super-soldado. Este proceso fue interrumpido por una inyección de magnetita por Jeffrey Spender, que eliminó de manera irrevocable los rastros de biología alienígena en él. William fue dado en adopción, haciendo que su paradero es desconocido. Sin embargo, su existencia sigue estando sujeta a la profecía hasta la fecha de la colonización, cuando se decidirá uno de los dos resultados posibles.

La fecha planificada mucho antes para la invasión alienígena final.