Nachdem das Syndikat mehr oder weniger neutralisiert war, hatten die Außerirdischen die Sache in der Hand, die Besiedlung vorzubereiten. Die ihnen im Jahr 1973 aufgezwungene Vereinbarung war nichtig geworden, somit konnten sie wieder an ihrem ursprünglichen Plan arbeiten: die Supersoldaten.

Die Supersoldaten sind Schöpfungen der außerirdischen Kolonisten. Dabei handelt es sich um Menschen, deren DNS stark mit einer Version des schwarzen Öl-Virus und mit Eisenverbindungen verändert wurde. Dadurch sie sind praktisch unzerstörbar, da sie mit Eisen gefüllte Rückenwirbel haben (dies ist die Ursache dafür, dass ihre Rückenwirbel stärker hervor treten und somit sichtbar sind). Mithilfe dieser Rückenwirbel sind sie in der Lage, sich selbst zu rekonstruieren. Desweiteren besitzen sie ein außerirdisches Bewusstsein, welches über ihren menschlichen Willen vorherrscht. Der Mensch, der zu einem Supersoldaten wird, muss sich dafür einer schmerzhaften und langwierigen Prozedur unterziehen. Es scheint, dass nur Personen mit einem bestimmten genetischen Profil geeignet sind, repliziert zu werden. Es scheint jedoch Forschung betrieben zu werden, um einen schnelleren Weg zu finden und um jeden replizieren zu können.

Das Ziel der Supersoldaten ist die Vorbereitung der Kolonisierung. Nach der Replikation sollen die Supersoldaten die menschliche Gesellschaft infiltrieren und hohe Machtpositionen einnehmen. Die ersten Supersoldaten erschienen bereits 1947. Die Infiltration hat nie aufgehört, trotz der Vereinbarung mit dem Konsortium. Eine zweite Welle Supersoldaten wurde in den späten 1980er bis 1990er Jahren geschaffen. Nach der Auslöschung des Konsortiums im Jahr 1999 wurden die Schläfer aktiviert, welche die frei gewordenen Positionen im Konsortium besetzten. In den Jahren 2000-2001 wurde eine dritte Welle erschaffen, die alle aus ehemaligen Entführten bestand. 2002 waren sie eine sehr mächtige und einflussreiche Gruppe, die in allen Regierungsbehörden saß: im Finanzministerium und dem FBI („Toothpick Man“ ) der NSA (der Schattenmann), den Nachrichtendiensten und des Mount Weather Complex (Knowle Rohrer) oder dem Justizministerium (Shannon McMahon). Sie waren aber auch einfache Zivilisten in weniger bedeutenden Positionen, welche meist einfache Aufgaben erfüllen (Billy Miles). Nach der Kolonisierung sind sie dazu bestimmt, eine Sklavenrasse ihrer Herren, den Kolonisten, zu werden.

Zeus Genetics war eine Fruchtbarkeitsklinik, in der die Drs. Lev und Parenti beschäftigt waren. Sie nutzten deren offizielles Geschäftsfeld, um im Geheimen ihre Arbeit im Auftrag des Syndikats durchzuführen. Mit außerirdischem, genetischen Material schufen sie außerirdische Babys, die in menschliche Mütter implantiert und mit deren Hilfe ausgetragen und geboren wurden.

Ehemalige Entführungsopfer, die durch ihre Entführungen unfruchtbar wurden, wurden als Leihmütter benutzt. Der ehemalige Marinesoldat Duffy Haskel infiltrierte die MUFON Gruppen im Auftrag des Syndikats und brachte die zukünftigen Leihmütter zu Zeus Genetics. Tot geborene Babys wurden dazu benutzt, um außerirdisches Gewebe und genetisches Material zu gewinnen, welches für die Erschaffung weiterer Kinder und um Experimente zur Erzeugung von weiteren Hybriden mit anderen Stämmen außerirdischen Gewebes unter der Aufsicht des Syndikats zu ermöglichen.

Nachdem das Konsortium untergegangen war, ersetzten Supersoldaten die Führungsriege von Zeus Genetics, welche so unwissentlich unter den Einfluss der Supersoldaten geriet. Das Ziel war nun, einen Supersoldaten mittels genetischer Manipulation zu erschaffen, ohne die komplexen zeitaufwendigen Verfahren durch einen erwachsenen Replikanten. Für die Supersoldaten stellte diese Forschung den ersten Schritt für die Erschaffung eines makellosen Menschen ohne Schwächen dar. Die Forschung diente jedoch dazu, eine “organische” Version der Supersoldaten zu erschaffen, die genauso außerirdisch war, wie sie selbst.

Die Supersoldaten setzen Zeus Genetics ein Ende, als ein anderes, konkurrierendes Projekt, die Valor Victor, vor dem ihren erfolgreich war.

Ähnlich wie bei Zeus Genetics wurde das streng geheime Navy Forschungsschiff Valor Victor von den Supersoldaten benutzt, um die Erschaffung eines „organischen“ Supersoldaten zu erforschen. Der Valor Victor gelangte durch die Verwendung einer modifizierten Version des Desinfektionsmittels Chloramin zum Erfolg. Chloramin wird auch als chemischer Zusatzstoff in der öffentlichen Wasserversorgung verwendet. Das Chloramin ist eine Version des schwarzen Öl-Virus, das eine Schwangerschaft bei einer Frau einleiten kann. Mit einer kontinuierlichen Aufnahme des Wassers würde das Virus die DNS des Babys zunehmend verändern und es nach und nach in einen Supersoldaten verwandeln. Ehemalige Entführte (und fruchtbare) Frauen, durch ihre Implantate im Nacken identifizierbar, wurden dadurch scheinbar auf wundersame Weise schwanger.

Diese Technologie führte zur Schaffung einer ganzen Generation zukünftiger Supersoldaten, die im Jahr 2001 geboren wurden. Diese Babys zeigten schon früh in der Entwicklung telekinetische Fähigkeiten. Am Tag der Kolonisierung werden sie wohl dank ihrer Positionen in der menschlichen Gesellschaft und ihrer scheinbar harmlosen Erscheinung dazu in der Lage sein, jeglichen Widerstand auszulöschen.

Eine spezielle Form des Eisenoxids Magnetit hat Auswirkungen auf die außerirdischen Technologien, vom Raumschiff bis zum Supersoldaten. Man glaubt, dass es elektromagnetisch mit dem Eisen interagiert, das in jeder Alientechnologie steckt. Magnetit ist die einzige bekannte Möglichkeit, um einen Supersoldaten zu zerstören. Diese Form von Magnetit ist auf der Erde vor allem in abgestürzten Meteoriten zu finden, was es sehr selten macht. Magnetit war auch vielleicht der Grund, warum das schwarze Öl bei dem Tunguska-Meteorabsturz so geschwächt wurde. Magnetit kann auch sehr effektiv in einer flüssigen Lösungsform benutzt werden, beispielsweise in Form einer Injektion. Der Roswell-Absturz offenbarte diese Schwäche auch der US-Regierung, aber seine Seltenheit machte zu es einem ungeeigneten Werkzeug für den Widerstand.

Verschiedene kosmische Ereignisse wie Abstürze von Meteoriten, die das schwarze Öl und Magnetit mitbrachten, beeinflussten durch plötzlich auftretende Mutationen oder längere Exposition die Biologie der Menschen. Eine Gruppe von Menschen in Asien ist immun gegen das schwarze Öl: sobald es in ihren Körper gelangt, würde es getötet und ausgeschieden werden. Durch geringe genetische Kreuzungen mit anderen blieben die Nachkommen dieser Gruppe genetisch rein und zeigten ähnliche Eigenschaften wie ihre Vorfahren. Nachkommen aus der Region Tunguska wurden von der russischen Verschwörung für Experimente mit dem schwarzen Öl benutzt und wurden so vielleicht der Grund für die Existenz eines Impfstoffs. Nachkommen von den Philippinen zeigten Fähigkeiten außerirdischen Ursprungs, wie beispielsweise im Gedankenlesen (Gibson Praise).

Vor tausenden Jahren gelangten die Nachkommen über die Beringstraße durch die Völkerwanderung bis auf den amerikanischen Kontinent. Es ist möglich, dass die Anasazi immun gegen das außerirdische Virus waren. Durch deren Überleben in unmittelbarer Nachbarschaft zu den Außerirdischen gelangen außerirdische kulturelle Elemente (wie Schrift und Glauben) in die Anasazi-Kultur. Aufgrund ihrer Immunität wurden viele von ihnen entführt und getötet. Die Verbleibenden erkannten, dass die Außerirdischen die gleiche Form von Magnetit fürchteten, die in New Mexico vorkam und gewonnen wurde, starben jedoch durch Hungersnöte. Eine Gruppe mexikanischer Indianer, der Huicholen, sind noch immer von Natur aus immun gegen das schwarze Öl.

Die Außerirdischen hatten konkrete Pläne für die Zukunft. Durch ihre Raumschiffe führten sie über Jahrmillionen die Erschaffung der Menschheit und ihre Pläne zur Vorbereitung der Kolonisierung durch. Alle ihre Pläne für die unmittelbare Zukunft schienen so gut wie erfüllt. Ihre gottgleichen Kräfte konnten vom unterlegenen, menschlichen Geist nur in der Weise verstanden werden, indem er sich der Wahrheit nähert. Es werden nur Informationen von den Außerirdischen und den Raumschiffen an die Menschen weitergegeben, die die Außerirdischen wünschen.

Deshalb sollten wir das, was wir von diesen Plänen wissen, mit Vorsicht genießen. Ihre Pläne sind den Menschen als Prophezeiungen bekannt. Durch verschiedene Kontakte während der menschlichen Geschichte haben Teile der fremden Überlieferungen in der menschlichen Kultur, vor allem in Nordamerika, überlebt. Der Indianerstamm der Anasazi und die Navajo nach ihnen verwenden ähnliche Schriften, welche der der Außerirdischen ähnelt. Eine dieser Prophezeiungen ist der feste Termin für die Kolonisierung der Erde, die außerdem auch das Enddatum des Maya-Kalenders markiert.

In einer anderen Prophezeiung heißt es, dass ein Auserwählter der Anführer der Kolonisierung werden wird. Jedoch könnte er auch, von seinem Vater beeinflusst, einen gänzlich anderen Weg einschlagen, der letztlich die Pläne für die Kolonisierung zunichtemachen könnte. Die Kolonisten und die ihnen unterstellten Supersoldaten bemühen sich, diesen Anführer auf ihre Seite zu ziehen. Die Anasazi behielten die menschliche Seite der Prophezeiung in ihrer Überlieferung – in der Hoffnung, dass dieser Anführer der Retter der Menschheit sein würde.

Diese wichtige Person erwies sich als William, der Sohn der FBI-Agenten Fox Mulder und Dana Scully. Scully, unfruchtbar durch frühere Experimente, wurde ihre Fruchtbarkeit durch ein außerirdisches Schiff zurückgegeben. Das Kind erhielt seinen besonderen Status dadurch, dass er durch eine “göttliche” Tat geschaffen wurde. Seine Empfängnis war natürlichen Ursprungs. Nach seiner Zeugung wurde William in dass Chloramin-Programm aufgenommen. Die Chemikalie sollte ihn kontinuierlich in einen Supersoldaten verwandelten.

Dieser Prozess wurde durch Jeffrey Spender mit einer Magnetit-Injektion beendet, welche jegliche Spuren außerirdischer Biologie in William vernichtete. William wurde zur Adoption freigegeben, wodurch sein Aufenthaltsort unbekannt ist. Seine Existenz jedoch ist bis zum Tag der Kolonisierung, an welchem er sich für eine Seite entscheiden muss, Gegenstand der Prophezeiung.

Der langfristig geplante Termin für die finale Invasion durch die Außerirdischen.