Die Purity genannte außerirdische Lebensform (auch schwarzes Öl, schwarzer Krebs, die grauen Außerirdischen oder die Kolonisten) erschuf die Erde und die menschliche Rasse. Die Hauptstreitkräfte verschwanden. Sie werden jedoch zur Erde zurückkehren, um diese mithilfe einer massiven Viruspandemie zu kolonisieren und dadurch die Menschheit auslöschen. Das Datum für diese Kolonisierung ist der 22. Dezember 2012. Im Jahr 1937 kontaktierte eine Gruppe Menschen die Kolonisten und schlug ihnen einen Handel vor. Im Austausch gegen das Überleben dieser Gruppe und ihrer Familien wenn die Kolonisierung beginnt, würde diese Gruppe die Vorbereitungen für den Tag X treffen. Diese Gruppe, aus der die globale Verschwörung – das Syndikat – hervorging, würde durch Gentherapie in Alien/Mensch-Hybriden verwandelt werden. Sie würde außerdem einen wirksamen Weg finden, das schwarze Öl-Virus am Tag der Kolonisation zu verbreiten.

Es wurde entschieden, für die Verbreitung Bienen einzusetzen, die Träger des außerirdischen Virus sein würden. Dieses wird über genmanipulierten Mais auf die Insekten übertragen. Das Syndikat nutzte dafür das Militär und andere staatliche Institutionen, Ärzte, Experten der ehemaligen Achsenmächte, außerdem Güterwagen, Regierungs- wie auch Privatgebäude und kreierte eine Klon- und Hybrid-Belegschaft sowie Katalogisierungs- und Überwachsysteme und –einrichtungen.

Die Außerirdischen verschwiegen jedoch die Tatsache, dass die menschliche Rasse im Zuge der Kolonisierung nahezu ausgelöscht werden würde. Das Syndikat begann insgeheim die Erforschung eines Impfstoffs, der gegen das schwarze Öl immun machen und somit jeden Menschen auf der Erde retten würde. Es gibt noch eine weitere außerirdische Rasse, die Gestaltwandler, welche gegen Puritys Vorherrschaft kämpfen. Als die Suche nach einem Impfstoff Ergebnisse erzielte, wurde auch erfolgreich der erste Alien/Mensch-Hybrid erschaffen. Dies bedeutete, dass die Kolonisierung beginnen konnte. Das Syndikat fiel jedoch den formwandelnden Rebellen zum Opfer. Diese bekamen nach dem Ende des Syndikats die Infrastruktur für die Kolonisierung in die Hände. Die außerirdischen Rebellen und der verbliebene menschliche Widerstand scheinen in ihrer Anzahl zu gering um die drohende unvermeidliche Kolonisierung aufhalten zu können.

Die Rolle des Syndikats wurde durch die Supersoldaten übernommen, außerirdische Kopien mit einer menschlichen Erscheinung. Aus der Verbindung der FBI-Agenten Mulder und Scully resultierte ein Sohn, William, der sich als Gegenstand einer Prophezeiung wiederfand. Entweder würde er der Anführer der Kolonisierung (dafür müsste Mulder sterben) oder er würde der Anführer der Widerstandsbewegung, die die Kolonisierung aufhalten würde. Um ihren Sohn zu verstecken, gab seine Mutter ihn zur Adoption frei. Mulder und Scully wurden zu Flüchtlingen um der allumfassenden Verschwörung der Supersoldaten zu entkommen.

Kombiniert man nun diese fesselnde sowie unglaubliche Handlung mit geheimnisvollen Drehbüchern, atmosphärischer Kameraarbeit und einer düsteren Geräuschkulisse, so beginnt man die Qualität von ‘Akte X’ zu verstehen.